Tom Clancy’s Ghost Recon Advanced Warfighter 2 je taktická vojenská akce, jejíž příběh naváže na události z předchozí hry a opět hráče uvede do role velitele speciální vojenské jednotky Ghost. V roce 2014 eskaluje konflikt mezi rebely a jednotkami loajálními Mexické vládě v regulérní civilní válku, která je velkým nebezpečím i pro sousední Spojené Státy Americké. Do akce je tedy povolám kapitán Scott Mitchell a jeho jednotka Duchů, kteří jsou vybaveni nejmodernější vojenskou technologií a jejich úkolem je neutralizace stále se zvětšující rebelské hrozby.